Les collections du Musée comtois doivent beaucoup à un homme : l’abbé Jean Garneret. Inspiré du modèle scandinave, il se lance dans l’ethnologie de terrain afin de sauvegarder un monde en train de disparaître, sous l’effet des grandes mutations économiques et sociales du siècle : à partir des années 1930, il collecte les objets-témoins de la vie comtoise, de sa propre initiative puis à la demande de la Direction des Musées de France et du Musée National des Arts et Traditions Populaires.
Créé en 1946 et installé à la Citadelle dès 1960, le Musée comtois enrichit ses collections grâce aux nombreux dons de particuliers. Sans oublier l’association Folklore comtois et son rôle prépondérant : elle donne par exemple en 2007, une très importante collection de négatifs à la Ville de Besançon.
En partie numérisées, certaines collections sont disponibles en ligne sur le site Mémoire vive de la Ville de Besançon, et sur le Portail des Arts de la Marionnette.
